После отставки Правительства РФ, с 25 марта 1998 года исполнял обязанности министра МЧС. 28 апреля 1998 года был вновь назначен министром МЧС в реорганизованном Правительстве РФ.
С мая 1998 года — член Государственной комиссии по военному строительству.
23 августа 1998 года Указом Президента РФ правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку. До назначения нового Правительства Шойгу являлся и.о. министра. 11 сентября 1998 года Указом Президента РФ вновь был назначен министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
18 ноября 1998 года Указом Президента РФ был включен в новый состав членов Совета безопасности РФ. 1 декабря 1998 года вошел в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.
После отставки Правительства Примакова с 12 по 20 мая 1999 года исполнял обязанности министра. 20 мая 1999 Указом Президента РФ был вновь назначен на этот пост в Правительстве Сергея Степашина. Сохранил свою должность в новом Правительстве Владимира Путина — вновь назначен на пост министра 17 августа 1999 года.
10 января 2000 года Шойгу был назначен вице-премьером, сохранив за собой пост министра МЧС. 20 января 2000 года он был включен в состав президиума Правительства РФ.
4 апреля 2000 года был назначен председателем правительственной комиссии по миграционной политике.
18 мая 2000 года Указом Президента РФ был назначен министром по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям в правительстве Михаила Касьянова.
В июне 2001 года Шойгу был назначен председателем комиссии по ликвидации последствий наводнения в Якутии, вместо возглавлявшего комиссию до этого председателя Госстроя Шамузафарова.
Еще 19 апреля 1999 года на IV Съезде НДР был избран членом Политсовета НДР. На VIII съезд НДР прислал заявление о выходе из партии. В сентябре 1999 года началась подготовка к созданию нового избирательного блока, инициатором которого выступили 39 губернаторов России. Глава администрации Чукотского автономного округа Александр Назаров сообщил, что инициативная группа предложила возглавить федеральный список создаваемого блока Сергею Шойгу. 26 сентября 1999 года было официально объявлено о создании губернаторского блока «Единство», а Шойгу подтвердил свое согласие его возглавить.
В октябре 1999 года был включен в общефедеральный список избирательного блока «МЕДВЕДЬ» (№1 в Центральной части списка) для участия в выборах в Государственную Думу ФС РФ третьего созыва. В связи с участием в предвыборной кампании Шойгу ушел в отпуск, в.р.и.о. министра был назначен Юрий Воробьев.
19 декабря 1999 года Шойгу был избран в Государственную Думу РФ по общефедеральному округу в списке блока «Единство», но от депутатского мандата отказался.
На «съезде сторонников движения „Единство“ 28 декабря 1999 года был избран руководителем рабочей группы по созданию движения. 11 апреля 2000 года заместитель руководителя фракции „Единство“ в Государственной Думе РФ Франц Клинцевич официально заявил, что Шойгу возглавит молодежную организацию „Единства“, однако председателем молодежной организации была избрана Александра Буратаева. Интересно также, что 30 мая 2000 председатель фракции „Единство“ Борис Грызлов заявил, что Шойгу является лидером партии „Единство“, но не является членом партии.
12 апреля 2001 года Лужков и Шойгу на совместной пресс-конференции заявили о намерении движения «Отечество» и партии «Единство» создать «единую политическую структуру и единую политическую партию». Однако 28 мая 2001 года Шойгу заявил, что объединения партии «Единство» и движения «Отечество» не будет. Вместо единой партии будет создана коалиция. И, тем не менее, 12 июля 2001 года на учредительном съезде стал вместе с Юрием Лужковым сопредседателем Общероссийского союза партии «Единство» и Движения «Отечество».
1 декабря 2001 года на учредительном съезде Всероссийской партии «Единство и Отечество» Шойгу был избран сопредседателем Высшего совета партии (вместе с Юрием Лужковым и Минтимером Шаймиевым).
В ноябре 2002 года сохранил свой пост в Политсовете партии и в 2003 году вошел в первую тройку списка ЕР на выборах в Государственную Думу 7 декабря 2003 года.
В начале марта 2004 года Шойгу, как и весь состав Правительства, был отправлен в отставку — 9 марта Шойгу сохранил свой пост МЧС в новом правительстве М.Фрадкова. Член Совета безопасности РФ (по должности).
Генерал-майор (1994), генерал-лейтенант (1995), генерал-полковник (1998), генерал армии (2003). В сентябре 1999 года был удостоен звания Героя России. 22 мая 2000 года получил от Президента РФ личный штандарт и нагрудный знак «Заслуженный спасатель». Награжден также орденом «За личное мужество».
Распоряжением Президента N365-рп от 17 июля 1996 получил благодарность как активный участник «организации и проведения выборной кампании Президента» 1996 года — куратор избирательной кампании в субъектах РФ.
Автор слов: «МЧС не политическая, а гуманитарная структура» .
Любит пение под гитару. Идеал Шойгу — «настоящая мужская дружба». Признался, что занятие политикой — «это не мое».
Шойгу женат, жена — Ирина Александровна Шойгу, преподает в институте химию.
Две дочери. Одна — Юлия — психолог (работает в психологической службе министерства, в частности — с семьями погибших подводников с «Курска»; окончила психологический факультет; имеет дочь), другая — Ксения — школьница (1999).

* * *
Отношения Шойгу с Владимиром Путиным — товарищеские, возможно даже дружеские. В частности, они вместе иногда ездят на охоту, едят шашлыки и т.п. Путин иногда гостит у Шойгу дома. Тем не менее, Шойгу старательно «держит дистанцию», хотя и подарил Путину лабрадора по кличке Кони. Говорят — теперь это — любимая собака Президента РФ. Во всяком случае, именно у Кони семья Путина 7 декабря 2003 года приняла роды и позже раздала щенков добрым людям».
Среди своих товарищей Шойгу назвал Бориса Грызлова — их часто видят вместе на спортивных мероприятиях, хотя именно люди Грызлова производили арест начальника СБ МЧС генерала Ганеева.
Врагов у Шойгу — мало, никто не хочет ссориться с могущественным министром. Однако окончательно избежать конфликтных ситуаций ему не удается: известно, что Шойгу находился в конфликте между министром по атомной энергетике Виктором Михайловым и председателем Межведомственной комиссии по экологии Алексеем Яблоковым , который поддерживал В.Михайлова: в августе 1997 года А.Яблоков был уволен.
Находился в натянутых отношениях с бывшим секретарем Совета обороны, бывшим помощником Президента по национальной безопасности Юрием Батуриным . В 1994 году Шойгу, а также министр обороны Павел Грачев, главком погранвойск Андрей Николаев, директор СВР Евгений Примаков, руководитель ФСК Сергей Степашин и директор ФАПСИ Александр Старовойтов, направили Президенту письмо, в котором утверждалось, что Комиссия по высшим воинским должностям, высшим воинским званиям и высшим специальным званиям Совета по кадровой политике при Президенте РФ, возглавляемая Юрием Батуриным, «ущемляет права Президента РФ, министра обороны РФ и руководителей ведомств, в которых предусмотрена военная служба» , а также «подвергает сомнению авторитет командиров» .
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69